Viện Ứng dụng Công nghệ, thành lập ngày 16-10-1984 theo Nghị định 135/HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) với tên gọi ban đầu là “Viện Nghiên cứu Công nghệ Quốc gia”. Từ 1984 đến 1994 Viện thuộc quản lý của Văn phòng Hội đồng Bộ trưởng (Văn phòng Chính Phủ ngày nay); từ 1994 đến 2004 trực thuộc Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường nay là Bộ Khoa học và Công nghệ.
Với Sứ mệnh là nghiên cứu và ứng dụng các công nghệ tiên tiến, tổ chức chuyển giao những công nghệ nhằm đáp ứng yêu cầu của thị trường; góp phần vào sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước và đảm bảo an ninh quốc phòng.
Viện Ứng dụng Công nghệ có 10 đơn vị trực thuộc gồm Văn phòng Viện, Ban Kế hoạch – Tài chính, Chi nhánh tại thành phố Hồ Chí Minh; Trung tâm Ươm tạo Công nghệ và Doanh nghiệp Khoa học Công nghệ; Ban phát triển thị trường và Cơ sở hạ tầng; và 06 Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển. Nhân sự hiện có 190 cán bộ, công nhân viên, trong đó lực lượng cán bộ nghiên cứu có trình độ sau đại học chiếm gần 40%; được đào tạo cơ bản có trình độ chuyên môn giỏi và phù hợp, có khả năng thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu, triển khai và dịch vụ khoa học công nghệ một cách có hiệu quả.
Viện Ứng dụng Công nghệ đã duy trì và phát triển hợp tác với các nước có quan hệ truyền thống như Nga, Trung Quốc, Đức, Hàn Quốc, Đài Loan… mở rộng mối quan hệ hợp tác với nhiều nước trên thế giới, các nước phát triển như Pháp, Mỹ, Nhật Bản, … và các nước trong khu vực… Bước vào giai đoạn phát triển mới, trong bối cảnh hội nhập quốc tế và khu vực về khoa học và công nghệ cùng với nhiều cơ hội và thách thức, Viện cố gắng vươn tới trở thành một Viện triển khai mạnh trong các lĩnh vực công nghệ cao đáp ứng các yêu cầu của Nhà nước và xã hội với tư tưởng chỉ đạo là hiệu quả, gắn nghiên cứu với thực tiễn sản xuất và cuộc sống.